《灵瞳》电影一开局，就是摄像机模拟一个人的双瞳去看周围的世界，见到同事被同事糗，见到老板被老板训，这种手法大胆地被导演运用了近十分钟，观众也基本上知道了男主角阿菜的社会地位：一个可怜的打工仔。
阿菜打小在一对夫妻开的店里面帮工。夫妻俩做生意发了财，小伙子也从一个普通店伙计升到了夫妻俩的专人司机。
这对夫‘妇’中‘女’主人‘精’明能干，江山几乎全是她一个人打下来的，而男主人却为人猥琐，天天骗老婆的钱，再出去吃喝嫖赌。
‘女’主人的妹妹阿兰从乡下来投靠发了财的姐姐，这妹妹长得十分漂亮，而且说话不多，十分文静，有气质。第一天来，就把阿菜和男主人的眼睛给看直了。惹得姐姐十分不高兴，就把她当普通伙计使唤，让她天天当会计算账，将一堆做不完的事‘交’给她，让她没空去勾引自己的男人。
可自己的男人却不争气，有一天小姨子洗澡，他竟跑去偷窥。被老婆发现，老婆对他大打出手，脸上被抓得没有一块好皮。
电影情节很快‘交’待到这里，又是运用男主角的双瞳去看待整件事情：‘女’主人在做生意，接到老公的电话，电话里说话的语气语调典型在撒谎，‘女’主人越想越不放心，过来大声嚷嚷，拉着自己开车回家。
接着就听到楼上传来夫妻俩的打闹声和小姨子的哭泣声，男主角赶紧跑上去，只见场景一片‘混’‘乱’，彪悍的‘女’主人正把男主人打翻在地，骑在他身上用长长的指甲在他脸上‘乱’抓‘乱’挠。而小姨子则披着浴巾缩在一边吓得直哭。
‘女’主人连打带骂，不光打自己的丈夫，还骂自己的妹妹大白天洗什么澡，摆明了是在勾引自己的丈夫。‘弄’得可怜的妹妹痛哭不止，却无法申辩。
男主人被‘女’主人推倒，男主角想去扶一下，差点被‘女’主人拉着一道打；‘女’主人一拳打空后自己摔倒，男主角想去扶一下，又差点被自己跳起来的‘女’主人推倒；最后只剩下男主角自己最想扶的‘女’主人妹妹阿兰，却发现她没有穿衣服，自己不敢“下手”。
阿菜的无奈和自卑不用导演多说，光是从主角的双眼视角中就可以表‘露’无遗。
过了几天，男主角陪‘女’主人出外谈生意，突然车子失控与一辆大卡车相撞，‘女’主人被当场撞死，而阿菜也重伤送去了医院。
从医院出来，男主角去给‘女’主人上坟，接着又去看‘女’主人的妹妹，想向她道歉。可到了主人家，里面又传来男主人得意的‘淫’笑声，男主角冲上去，只见男主人正光着身子要扒小姨子的衣服。平时胆小的阿菜不知哪来的勇气，一拳将男主人打翻在地。
男主人气得翻身拿了一把椅子要砸他，身材矮小的男主角知道自己不是他的对手，情急之下拿起一物来挡，男主人一见，竟吓得屁滚‘尿’流，丢下椅子大叫一声连滚带爬地逃离了小楼：男主角手上拿的，是自己老婆的遗照。
阿菜将阿兰扶起，阿兰竟半‘裸’着趴在他身上痛哭不止，一哭就是一夜。阿菜也跟着一夜没睡，心中百感‘交’集，暗自当着‘女’主人的灵位发誓：一定要好好照顾阿兰。
第二天，阿菜到处去找工作，可处处碰壁，只好跑到出租车公司跟人拼车开，想到昨天自己的宏伟誓言及今天口袋的几枚泰铢，阿菜郁闷异常，开车都有点心不在焉。
突然一条人影从公路桥人行道上一跃而下，向自己的车底钻去，阿菜吓得急踩刹车，魂飞魄散地下车查看：可公路上竟干干净净，别说尸体，连滴血都没有！
阿菜惊魂未定，想找旁边的人问问，可路过的司机纷纷对这个在大马路胡‘乱’停车的阿菜伸出了中指，只有一个胖胖的怪人身着白衣，眼神怪怪地看着阿菜，阿菜咳嗽了一声：“请问你刚才看到一个人跳到－－－－－－”
怪人竟高兴得跳了起来，把自己身子侧了过来：“你是问我吗？”－－－－－－只见怪人并不是身胖，而是被压扁了！他就是刚才从马路上一跃而下的人！
阿菜吓得跳上汽车，从观后镜一看，怪人竟缠上了他，双脚离地向他飘了过来。阿菜大叫一声，一路狂奔，等逃回出租车公司，才发现自己双‘腿’都软了。
打卡结算的地方在公司十四楼，阿菜好不容易挪到了电梯旁，电梯却正好关上了‘门’，口中连呼倒霉。这时电梯‘门’又开了，里面有一位好心小姐帮他在里面按了开‘门’键，并招呼他上来。
阿菜说了声谢谢，可又十分为难。小姐奇怪道：“你怎么不上来啊？”阿菜指着小姐身边：“人满了，我上不了。”小姐看着这个奇怪的人笑了：“什么满了，这个电梯只有我一个人啊？！”
阿菜这才看清周遭，双目‘欲’裂：电梯里其他人均是双脚离地，不是头上扁了一块就是瘸了一条‘腿’、歪了一只胳膊。这些“人”看阿菜竟能看见他们，均是欣喜异常，竟个个从电梯里冲了出来要找阿菜。
可怜的阿菜只好咬着牙从一楼上到了十四楼去打好卡。这时才发现自己一天都没有上厕所，膀胱都快涨破，找了个卫生间冲了进去，正在‘尿’‘尿’，突然发现一片血迹流到了自己脚上，打开厕所单元小‘门’，只见一个‘女’孩呆坐在男厕所马桶上，下身大量流血－－－－－－竟是在厕所分娩！
好心的阿菜急忙把大厦管理员找来，大厦管理员来一看，把阿菜骂了个狗血淋头，说：这儿那有什么分娩的‘女’孩？胡扯。
可在阿菜的眼中：那个分娩的‘女’孩明明还在，而且将自己生下来没有断脐的小孩血淋淋地伸到了他面前！
晚上，身心疲惫的阿菜用仅有的钱买了一些吃的带给阿兰，却发现男主人又在家里，阿菜冲过去用瘦弱的身体挡在阿兰前面，男主人冷冷地笑了笑：“我不是为阿兰来的，我是为你来的。你身体好了，从明天开始重新回来上班。”说完就走了。
这个消息对身无分文的阿菜来说不知道是好是坏：自己打心眼里不想跟这个‘色’狼后面工作，但自己又需要钱来照顾阿兰。阿兰安慰他：帮自己姐夫开车就可以随时掌握他的形踪，也好保护到自己。
阿菜一想的确不错，第二天又回到男主人的公司上班。男主人‘交’给他的任务是送一个老头去飞机场。
去飞机场的路又要路过那个公路桥，阿菜有些心中发慌：果然，那个穿白衣服的胖子又在故意跳到车底下挨轧，其它司机看不见也就算了，依旧一飙而过。可阿菜就不行了，明知他是个鬼，可他跳过来的一刹那，阿菜还是本能地减了速。
本来坐在车后一声不吭的老者突然开口了：“你能看见他？”
阿菜惊魂未定：“他？－－－－－哪个他？”愣了半天才反应过来，喜道：“你也能看见他？”
老者轻笑了一声：“把车倒回去吧！”
阿菜说话声音都有几分发抖：“开回去？你－－－－－－－”老者叹了口气：“相见也是缘法，就算我不去渡他，我也要渡你。”
老者缓缓走到胖子身边，跟他说了几句话，阿菜只敢远远地望着。只见胖子听了几句后忽地跪了下来，抱着老者的脚，行五体投地大礼，这时老者用手向天空一招，一道七彩灵虹‘射’在胖子身上，胖子离地而起，一边磕头向天边飘去。
车子继续向飞机场开去，阿菜终于鼓起勇气问道：“你、你、你是大师？”老者笑了笑：“你全身黑气罩身，最近是不是遇到了太多这种东西？”阿菜如‘蒙’冤受屈的犯人突然遇到了青天大老爷，如倒豆子一般将自己车祸重伤后看见的种种灵异事件一一道出。
老者不但没有说阿菜这是倒霉，反而说这是他上辈子修善积德修来的慧根。说常人想看到这些‘肉’眼凡胎外的景象还要靠缘法苦苦修炼七七四十九天才能行。临别时在飞机场，老者跟他说：“无论是降妖、除魔、伏鬼还是想要征服人心，天下只有两个办法可行：一个是施恩，一个施威。只有恩威并施才是天道。”
说完，老者送给他一块‘玉’牌：“有了这块‘玉’牌，万鬼而近。用它施恩还是施威，全在你一念之间。刚才那个因车祸而死的白衣鬼，就是想用再次撞车的感觉想找到撞他的元凶。我开导了他一番，他才肯放下陈年旧怨，投胎做人。一念天堂，一念地狱，记住，超渡人有时也是超渡自己。”