一时间明太仆寺少卿才发现情况不太对劲，他心想；难怪之前出市集的时候没有见到大批百姓？估计多半不是躲避疫情？就是逃走了？或者是猝死在府宅中！
想到这明太仆寺少卿有些害怕了，他连忙出了轿子跑回府中，跑到府门口时还让家丁去把京城最好的大夫给请来以便医治，家丁有些害怕不敢前去，明太仆寺少卿就给出十两银子作为跑路费，这才让家丁冒着生命危险前去街道上找大夫。
家丁再次上街之时看到除了几处主要的大道还有百姓居住外，其余府宅要么大门敞开、要么无人居住！偶尔看到有几个人行走之外，其余的小街小巷都是关闭家门的，而且家家户户门口都高挂着白色的灯笼，门前还张贴着许多去邪避凶的符咒，看上去很是阴深！
吓得家丁大步奔跑着，在来到一处医馆门前时他还看到有七八个躺在地上，脸色发青眼角出血的百姓，奄奄一息地咳嗽道“救、救救我！给我汤药吧！”
见此情景家丁咽了一口气，壮起胆子走进去医馆里面，喊道“大夫、大夫在吗？”
在接连喊了三四声后就见到一个白发苍苍的老者，拿着一碗汤药走了出来，但是这位年老的大夫脸色似乎不太对劲？家丁仔细一看发现大夫的眼角隐约流出了黑色的血，嘴巴也是紫色的看上去极其恐怕。
胆小如鼠的家丁连忙退了几步转身朝门外跑去，还说道“我不想死、我还不想死！我要离开这里、离开……。”
此时帝都的三座城内，守军们也开始有士兵出现了呕吐、发冷、发热、浑身疼痛等症状，先后波及到了京畿地区的；五城兵马司（东南西北中。）、京军三大营、南北镇抚司、亲军京卫指挥使司、十二监（司礼监、内官监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。）、上林苑监、六部（兵工礼吏刑。）、六科（兵工礼吏刑。）、五大寺（大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。）、都察院、詹事府、宗人府、钦天监、国子监、行人司、通政司、武学、僧录司、道录司、教坊司以及后宫内廷部分宫殿区域。
发生这次突如其来的大规模病情时，太医院与南北镇抚司锦衣卫们率先出动人员控制情况，明锦衣卫左都督还手持令牌带领手下的锦衣卫队们分散开来，在宫中各个角落开始检查人员发病情况，一旦发现有病情者立刻送往太医院治疗。
在逐一调查各机构部门情况之时，发现大多数人（主要是与京师外面接触过的人员，多为正四品左右的官员？）
而太医院方面当天接到的病人数量多达三千人，全部都是统一的病症！均为风寒之症？这让太医院的医官们感觉很是奇怪，资历高深的明太医院院使：关之庆，在带着面巾号了几次脉搏之后就得出了一个结论？
凭他多年的行医经验分析出这些病者，应该得的是一种来自于鼠疫的病情？在综合得病多数的病者来看，这疫情应该是由京城外界传播进来宫中的？
于是明太医院院使在号完脉之后，就转身让太医院内戴着面巾的下人带病者去外面晒太阳，自己则对身边的医官大夫们说道“此症状乃是百年不遇的鼠疫！自万历八年至今宫中还从未见过此病症，老夫不才曾在医书中见过鼠疫的症状与他们情况，并无太太区别！”
（其实早在崇祯十年辽东都司地区的小冰期与中原地区的河床干枯以及蝗虫灾荒，就先后在山西承宣布政司、山东承宣布政司、陕西承宣布政司、北直隶、南直隶、河南承宣布政司、浙江承宣布政司等地爆发了鼠疫、天花、疟疾三种病症了！）
只是京城地区平常没什么官员接触地方百姓，毕竟京城官员居住区与百姓居住区是分开隔离的，基本上接触不到！除了市集口。
但一般的普通百姓都不可能去，因为去的百姓多数是有钱人，都是去买东西的，平常穷苦人家百姓根本没有那个资本，而疫情又是经过村庄地区的百姓传播出去的，所以也就很少有人能够了解到疫情是怎么回事了！
这下被明太医院院使诊断出来，可吓坏了在场的所有医官大夫们，为了不把消息泄露出去造成全城混乱，故此明太医院院使就下令把此事封锁起来，只是对外宣称病人们得了（疟疾），又为了不让病情扩大化，还让全城军民们佩戴起了面巾，并在宫中各处要道采取了隔离措施减少伤亡。
因此宫中四处都能见到戴着面巾之人在用驱除瘟疫的老办法来熏角落，使得宫女太监们被惊吓得都不敢随意走动了，有些宫女则小声议论道“听说了吗？刚才延祺宫才抬出来两具尸体，好像是小春子与月兰？你们说这宫中会不会是中了什么妖魔鬼怪的邪气啊？”
这话被路过的明周皇后听到，她连忙反驳道“都在此议论什么呢？都给本宫干活去，哪有什么鬼神之说。”
宫女们被赶走之后明周皇后又打算往东六宫地区走去，却被随驾的太监给拦住劝说道“哎哟！皇后娘娘现在那边正在驱除邪气万万不能去啊！”不明其意的明周皇后连忙挥手让太监去外朝看看情况，太监只得领命退下去。
这边明锦衣卫左都督正率领着南北镇抚司们出了内城在外城附近巡逻着，巡街的锦衣卫队们看到两旁的房屋几乎家家紧闭家门，有些房屋还能隐约听到有人在哭泣？有些房屋则灯火通明里面不听见任何声音？
更有些房屋门前还贴着符咒放着棺材，偶尔还能见到有老鼠仔街道上行走，一个锦衣卫不小心踩到一只小老鼠，他快速松开脚就见到周围还有其余的老鼠像排队一样挨个东奔西跑的找东西？
曾经繁华的帝都京畿街道上，一时间竟变得无人行走，白天静如黑昼一般，百姓们哀嚎之声听着也十分的慎人？
南北镇抚司们在走了半柱香时间后就打算回去复命了，但在回去之时就有两个锦衣卫出现了头晕呕吐浑身发冷等现象，旁边的锦衣卫见状吓得纷纷躲开来不敢上前搀扶就这样看着他们在地上躺着翻滚。
而回去复命时明锦衣卫左都督也发现了人数不太对劲？明显少了十个人？（其实有些锦衣卫跑去无人的富商府中偷拿东西去了！自然也就死在府中了！还有些则是病倒在路上。）
深感危急的他连忙进宫去找皇帝陛下，他们在入大明门之时就受到守城明军与明太医院惠民药局副使：王秋晋，的阻拦他们开口道“从此刻起但凡入宫之人都必须经过检查，还得佩戴面巾否则不能进入内城！”
一些激动的锦衣卫队们就拔出（绣春刀）说道“凭什么？你不过是一个未入流的太医院官员，胆敢阻拦我们的从一品锦衣卫左都督大人？这是活的不耐烦了？是不是想去北镇抚司诏狱走上一圈啊？”
眼见自己手下的锦衣卫们就要动手了，低调的明锦衣卫左都督才发话道“都住手！在京畿之地天子脚下岂能随意动手呢？既然太医院的医官要求戴面巾想必定是有奇作用的？戴着也无妨。”
无奈之下其余锦衣卫们才收起绣春刀，一个个接过守卫手中的面巾戴着入城往宫中走去，过了皇城之后明锦衣卫左都督就询问了守在承天门的府军卫队们陛下的踪迹？
值班的明府军卫镇抚：邓照风，见到掌印南北镇抚司的将领前来询问，他心惊胆战的汇报道“启禀左都督大人，陛下正在月华门的养心殿内批阅奏折呢！”
于是明锦衣卫左都督立刻带着亲信锦衣卫十人前往，其余锦衣卫队则遣散回了南北镇抚司衙门里。
来到养心殿时明锦衣卫左都督潇洒地走入殿内，将京畿周围住宅情况全部上报给天子听，明毅宗得知此事很是生气立刻拍案问道“什么？京师瘟疫十室九空？户丁尽绝还有无人收敛者？”
殿下的明锦衣卫左都督点点，明毅宗又继续说道“之前周延儒未死时还曾上报说京师之内瘟疫尽除？怎么现在居然出现如此恶劣的情况？朕发的赈灾银两莫非被他们贪污了？这帮该死的大臣们，来人给朕速传众臣们来…！”
此时明司礼监秉笔太监连忙站出来劝说道“陛下，请消消气！这个大臣们相信也不是故意而为之的，当然周阁老吞不吞并物资之事？尚且不知但是老奴知道眼下当务之急不是追究责任的时候！而是需要尽快的想办法来解决此事才行！否则事情一旦闹大到时候整个京畿将失去防御，流寇若是趁机来攻，那么可就是天亡大明了！”
向来对这话敏感的皇帝陛下觉得有些道理，他当即就问道“王承恩，朕让他们捐银至今为止募捐得多少了？先拿出一些银两来埋葬京畿的军民把！以免他们传染宫中之人，另外还有封锁疫情之事！不得让任何人透露半点违者斩。”
尴尬的明司礼监秉笔太监支支吾吾的说道“回陛下的话，目前总计捐了19万6千两白银、3百两黄金！”
听到报数之时明毅宗差点没吓晕过去！他心想；堂堂的大明帝国曾经拥有过世界上三分之一的白银，有着排名东方首富的帝国，如今却穷到这般地步！真是三十年河东、三十年河西啊！
天色很快就暗沉了下来，京城内外街道上但凡有活着的居住都是哭丧着，穷人百姓推着车用白布盖着家人的尸体，拉到西市门外乱葬岗附近掩埋，富人则用棺材让家丁抬着走出城，街道上一路过去都是白色的纸钱，更有富贵人家还特意聘请了法师一边走一边做法驱除邪气，但终是竹篮打水一场空。