九部联军浩浩荡荡袭来之事很快就被建州女真左卫侦查兵发现，他们立刻跑去禀报明龙虎将军：佟努尔哈赤，得知敌军兵力是他的三倍！这让佟努尔哈赤开始害怕起来，连忙写信让士兵出城去传报明抚顺游击：李永芳，让他通知明辽东巡抚：尤继。
然而明辽东巡抚顾及建州左卫乃是大明帝国的管辖卫所，便任命抚顺守御千户所派出1千明军前去调解情况，明军快速前往佛阿拉城去帮助建州女真左卫军队。
但叶赫女真已经下令攻城的九部联军迅速突破各个关卡，建州女真左卫士兵被迫退入古勒山，佟努尔哈赤很是愤怒他集中1万兵力攻其主力叶赫女真斩杀西城贝勒！
又在明军的支援下生擒乌拉贝勒，其余七部联军见到有明军介入纷纷撤退，就这样佟努尔哈赤打败了九部联军在女真各部威名大增，史称〖九部联军之战〗之后佟努尔哈赤为了感激明军的帮助，就带领使者第三次去京城朝贡大明天子。
到了明万历二十二年公元1594年明蓟辽总督：顾养谦，与力主对倭议和封贡的明兵部尚书：石星，再次上奏明神宗请求尽快封贡安土桃山幕府。
并说道“启奏陛下，当初幕府倭军攻占李氏朝鲜是利用其威！如今及时退还王京、送回王子和陪臣是讲信用，陛下既然许诺分封则当尽快册封倭使，好让倭寇尽早退出李氏朝鲜，方可保外患平息内备以修，今倭军久住釜山而我大明欲封不封？既已失信！”
此话让明神宗觉得有理就让司礼监太监传诏幕府使者：小西如安，火速进京确认御旨双方在太仆寺谈判，大明官员提出说“我皇陛下让我们来传话，令幕府倭军尽早退出李氏朝鲜，若你们执意不退的话？那么我朝则兴兵正罪势必要剿灭你们。”
但小西如安就提出道“大和语：我军在受封之后可以迅速撤离李氏朝鲜和吕宋都督府与琉球王国，但是咱们只册封而不准朝廷求进贡，其次朝廷必须与李氏朝鲜修好不得侵犯我国。”
由于明使不太懂大和语！小西如安就和沈惟敬一起欺瞒明使，为了稳住他们就谎称皆以稳妥，并传递幕府的降书给明兵部尚书观看，不明真相的明兵部尚书大喜，在场的大明官员很是高兴连忙上奏明神宗，又带着倭使进宫向大明天子献礼。
同时明神宗赐封明临淮候勋卫署都督佥事：李宗城，为正使、明五军营右副将署都督佥事：杨方亨，为副使两人同封为一品武官，并带着（亲王常服）与冠冕前往李氏朝鲜釜山，在从此地出使安土桃山幕府。
明万历二十三年公元1595年明兵部左侍郎：邢玠，命令明重庆知府：王士，让明播州宣慰使：杨应龙，到秦江县听勘而明播州宣慰使就把黄元等12个叛将斩杀，并献首级请纳银四万两助采木赎罪。
见到他有心悔过被朝廷允准，但是明神宗为防止他继续造反就以杨应龙长子：杨朝栋，代替其职，并把杨应龙的二子：杨可栋，扣留在四川承宣布政司重庆府作为人质。
然而好景不长杨可栋突然病死？杨应龙得知自己二子死去的消息就怀疑是大明官员毒害的？他当即拒绝缴赎金为此又激起朝廷的猜忌。
同时明建州左卫镇抚：爱新觉罗·舒尔哈齐，首次带领建州女真左卫使团前往京城朝贡，这次经历让他大开眼界看着中原地区的繁华景象，在想想建州左卫蛮荒部落地区，他开始对自己屈居在兄长的属下地位感到不满，他希望有朝一日能当上建州女真左卫指挥使，他还对中原先进的农耕文明和汉文化产生了浓厚兴趣。
为此还特意在京城订制了一件汉服，并且亲自穿着汉服入朝觐见大明天子，朝中的文武百官见状纷纷夸赞这是建州女真八部里面最有汉文化之人了，穿着冕服的明神宗也很赏识舒尔哈齐，赐了他许多珠宝给建州女真左卫朝贡使。
之后明万历二十四年公元1596年明播州宣慰使再次起兵叛乱率军袭击抢掠贵州承宣布政司余庆县、大呼县、都坝县又焚劫草塘安抚司及兴隆卫、都匀军民卫之后围黄平县屠杀重安长官司，地方驻军联名上奏要求派兵镇压明播州宣慰使。
9月初3日明使到达幕府本土之后，就被关白：丰成秀吉，在名古屋内接待，明使手持圣旨开始宣读道“奉天承运，皇帝诏曰；今倭国臣服大明，朕很是欣慰特封关白殿下为幕府国王，按亲王等级御赐常服！钦此。”
大明天子的圣旨宣读完毕后丰臣秀吉就接过圣旨来观看他隐约感觉不对？虽说听不懂江淮官话但有些汉字却看得懂，他认为明廷是为了退让才赐封的而他本来在幕府就相当于王了还用封？而且他想让大明公主嫁给幕府后阳成天皇为皇后这圣旨上似乎也没提？可毕竟有明使在场也不好太过于张扬，只好等明使退去再说。
明万历二十五年公元1597年弄清楚事情的丰臣秀吉以李氏朝鲜不来谢罪为借口（明、幕）和谈破裂！丰臣秀吉派遣了陆军十四万战船数百艘，第二次入侵李氏朝鲜史称［丁酉倭乱］。
由于李氏朝鲜党争激烈在加上中敌离间计！导致朝鲜全罗道左水使：李舜臣，被诬通敌而撤职！继任者朝鲜庆尚道右水使：元均，无能抵抗不了幕府倭军造成第一回合的〖漆川梁海战〗，竟让朝鲜主力水师2万被幕府倭军熊野水师左渡守：藤堂高虎，给打败朝鲜水师全军覆没。
迫使李氏朝鲜宣祖郡王再次向大明帝国求援，而明神宗则封明南直隶兵部尚书：邢玠，为蓟辽总督与明都察院右佥都御史：杨镐、明延绥卫总兵：麻贵，率四万明军入李氏朝鲜。
此时明蓟辽总督：邢玠，当机立断斩杀了奸臣通事：沈惟敬，又上奏朝廷揭发明兵部尚书：石星，通倭罪证把石星抓去诏狱，随后明军出征在稷山、青山接连大胜，明蓟辽总督还派明南岛副总兵：陈璘，前后夹击斩杀倭军5千人获得小胜，但倭军闭城不出坚守待援被明军围困十日却不能克！倭军则以诈降为缓兵之计拖住明军。
另一边明播州宣慰使又攻占了江津县、南川县、合江县侵略到湖广承宣布政司地区！
同时明神宗授封安南黎世宗：黎惟潭为（安南都统使）使得安南政权又从莫氏转入黎氏，另外佟努尔哈赤还与叶赫女真西城贝勒：纳拉·布杨古、东城贝勒：纳拉·金台吉，联姻椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达女真部和辉发女真部。
为了隐瞒朝廷自己势力扩大的消息，佟努尔哈赤第四次入京城去朝贡大明，而这次舒尔哈齐也前来他第二次入京朝贡，也更助长了他的野心到达京城之后受到朝廷隆重接待，并赏了许多的金银绸缎，明神宗还授封舒尔哈齐为明建州右卫指挥使，来做为一种战略对策尽力拉拢和收买效忠大明帝国之人。
此事佟努尔哈赤看在眼里恨在心里，两者间的矛盾瞬间激化，使得明建州右卫指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，非常感激大明恩宠他决定誓死捍卫大明帝国，除了积极与大明发展密切关系之外，他还通过政治联姻加强与其它女真部落的联系来扩大他个人实力。
明万历二十六年公元1598年4月30日，漠南蒙古泰宁部：孛儿只斤·炒花，联合察哈尔土蛮部攻入沈阳中卫抢掠八日，为此明辽东总兵：李如松，率领三千辽东骑兵冲锋时被明辽东参将：李平胡，泄露信息给土蛮部结果明辽东总兵中伏战死！两支漠南蒙古军队被后续明军打退，朝廷追封李如松为（宁远伯兼太子太保）。
11月明军兵分四路，中路是明御倭总兵：董一元、东路是明备倭大将军：麻贵、西路是明御倭副总兵：刘綎、水路是明广东都指挥佥事：陈璘，分道向釜山进军，其中明广东都指挥佥事与朝鲜全罗道左水使：李舜臣，配合在海上使用（龟船）打败倭军精锐主力：小西行长，手下的幕府第一队。
之后丰臣秀吉病死幕府倭军大乱，而倭军第二队：加藤清正，迅速撤兵回国，接着朝鲜全罗道左水使：李舜臣、明武靖营参将：邓子龙，在〖露梁海战〗中抗击倭军牺牲（万历朝鲜战役结束）。
而南方明四川巡抚：谭希思，在綦江、合江设防拦截杨应龙叛军，同时又是佟努尔哈赤第五次来京城朝贡大明天子，以麻痹朝廷与辽东都司的怀疑方便继续攻打其余女真部落。
明万历二十七年公元1599年佟努尔哈赤以背盟为由灭掉哈达女真部擒杀哈达贝勒：纳拉·猛骨孛罗，并采用蒙文为建州女真语配上字母，由于海西女真各部的衰弱！佟努尔哈赤还主动发兵进攻东海女真渥集部。
同时杨应龙捣毁了重庆府和城嘟府并抓住明蜀恭亲王：朱奉铨，来威胁明军说道“我只是为了扩张地盘，希望尔等回去转告朝廷能够再次赦免我。”