大批官员的落马，导致本就缺人的朝廷，出现了许多的空位。
尤其是是五品以下的朝官，可以说所剩无几，甚至于六科的官员加起来都只有五个了。
朱由校也正好借着这次机会，开始将皇明学院，以及北直隶学堂的学子贡生，安排进了朝廷。
随后便开始了着手制度的改革。
羽林军的后勤司和参谋司，正式成为了朝廷的衙门，不只是军队中的编制了。
并正式成立了军部，与六部一样独立出来，直接对皇帝负责。
规章制度以及军权的划分也非常细致。
兵部的兵权正式被剥夺，从此以后，兵部再也没有管辖军队的权力，包括武举以及练兵权。
基本上是恢复到了洪武年间的规划，兵部只有核实军功，以及对于军队增减规划的权力。
其它的则都被划分给了军部，军部的官员也不在是文官担任，而是由立有战功，老成稳重的武将来担任。
并且效彷了汉朝的重号将军制度，凡是在军部任职的，都会挂上新增的前后左右称号的将军印。
官职定为正二品，与六部的尚书相比，不管是职责还是地位，都是相当的。
同时也刚好是四个人，同等地位同等权力，防止像内阁一样，搞出个首辅次辅的先后顺序来，一家独大。
当然了，他们也是没有兵权的，他们就类似于内阁一般，专门协助辅左皇帝，处理军队以及国防等诸多事务。
相当于皇帝的军事秘书，只有参议权而没有决定权。
而参谋司和后勤司，也是划归给了军部管辖。
户部拨发的军费钱粮，直接与后勤司进行对接，不在经过兵部之手，一定程度上保证了贪污最小化。
更重要的是，文官与武将之间的关系，不在是上下级了，而是平等的。
不管是边军，还是名存实亡的五军都督府，直接隶属于军部节制管辖。
众所周知，自诩清高的文官士大夫们，向来是瞧不起武将的。
朱由校这样的安排，也是怕武将们领着兵马在外面拼命，后勤得不到保障。
军队被文官们利用职权或是一些名义，卡着脖子的事，历朝历代都是有的。
而武将的升迁以及调度，这是大事，则要军部和兵部两方拍板，才能有效，这是朱由校有意为之。
此项改革制度一出，再次在朝廷引起了轩然大波。
反应最为激烈的，自然是兵部了，就连王在晋都不澹定了。
不止是兵部的官员，就连其他各部的官员，也是纷纷找他探听消息。
满朝的官员，谁不知道他王在晋是皇帝最为信赖倚仗的大臣
毫无意外，多数的官员，都没有得到王在晋的好脸色，不是被赶了出来就是在外面喝西北风。
“大司马，您得陛下信重，当速速入宫觐见，劝谏陛下尽快收回圣旨才是。”
“是啊，按照陛下圣旨所说，军部如果真的设立了，那还有兵部什么事？”
“我等官员，岂不成了无用之人？”
兵部的官员们一个个急不可耐，只能来劝说王在晋，去阻止皇帝的行动。
可身为尚书的他，此时难道就没有危机感？
他现在的心情，是最为糟糕的，比任何人都要烦躁。
这可是直接削了他手中的权力啊。
就如自己属下所说的那般，军部一旦真的成立，他这个兵部尚书就将形同摆设。
但他清楚皇帝是一个怎样的人，向来是说一不二，决定了的事别说阻止，就是折扣都打不下来。
幸好自己还是内阁大学士，还不至于沦落为一个无实权的摆设。
此时的王在晋，也只能以此在心中默默的安慰自己了。
可他这一整天下来，依然是魂不守舍，根本无心处理事务。
临近下值时，与他颇熟的魏忠贤，突然到来。
“大司马看起来有心事啊。”
魏忠贤刚一进来就注意到了王在晋的神情。
他虽是个粗人，没文化，可好歹五十多岁了，在这宫中也好几十年了。
这察言观色的眼力见，自然是异于常人的，一眼就看出他是为何犯愁。
得魏忠贤发问，王在晋不想表露太多，强颜欢笑的回道：
“朝廷事务繁重，兵事政事本官都要定夺处理，自然是有些忧愁的。”
“你我二人的关系也算不错，又都是为万岁爷办事，大司马就不要拿这种搪塞之语来湖弄咱家了。”
“万岁爷猜测你今日的心情必定不好，特意让咱家来通报你一声，万岁爷在乾清宫等着你呢。”
一听皇帝召见自己，本无精打采的王在晋，立刻就来了精神。
看来陛下还是信重倚仗于我，我王在晋依然是朝廷重臣。
“那就烦请厂公了。”
王在晋不同于其他文人士大夫，在太监和武将们面前，并没有像其他人一样有这么大的优越感。
对于他来说，权力和功绩才是最重要的，而且也有自己的傲气和底线。
否则历史上的他，也不会公然与身为帝师，地位崇高，且有东林党人支持的孙承宗对立了。
来到乾清宫后，朱由校也是很快召见了他，不过却没有过多废话，直接说道：
“军政分离的新制度，是必然要实现推行的，不容置疑。”
“朕向来就秉承着一个观点，专业的事情就要交给专业的人来干。”
“领兵打仗这种事，自然是出于行伍或是武将世家之人更为擅长。”
“文官们多是读圣贤书之人，一生都在追求功名，他们哪里懂得怎么排兵布阵，怎么行军打仗呢？”
“即使他们取得功名之后，踏入了官场仕途，也只是在需要的时候去翻阅一下兵书，而后就是照葫芦画瓢，纸上谈兵。”
“这就好比打造一柄战刀，你说是一个铁匠打的好，还是一个木匠打的好呢？”
道理虽然没错，可王在晋的内心还是难以接受这个事实。
可他又不敢和皇帝唱反调，说我反对我抗议之类的话。
因此想着退而求其次，想换一种角度委婉的进行提醒劝谏，于是说道：
“陛下所言确有道理，臣也是赞同的，可臣有一句话，不知当讲不当讲。”
王在晋想说什么，朱由校已经猜了个八九不离十了。
无非就是老生常谈的那些个事，朱由校不想听，简直浪费时间，因此果断的阻止了他。