自从朱慈烺回京后，为了彰显太子的地位，朱由检在召阁老重臣入宫议事时，都会让王承恩在自己的龙椅侧下方的位置摆一个位子，让朱慈烺也列席每次的会商。
为了不使众臣对太子有轻视之意，朱由检特意嘱咐过朱慈烺：多听多记少说，用心观察和体会各人的观点和策略，并在议事结束后，对每个人的言论进行总结，从中找出各人对同一件事情的研判角度，对的吸收，错的摒弃，从而养成多角度分析问题、解决问题的良好习惯。
四年的游历，让原本稚气未脱的朱慈烺变得成熟稳重起来，白皙的面庞也变成了健康地麦色，已行冠礼的他蓄起了胡须，言行举止再不是飞扬跳脱的样子，而是有刻意模仿自己父亲的痕迹，这让朱由检既感好笑又觉感慨：不知不觉间，自己已经穿越过来十三年了，眼前这个颌下微髯的青年人已如当年自己初来时的模样，病入膏肓的大明现在也到处是一副生机勃勃的景象。
考虑到对倭国的策略需要提前布局的缘故，朱由检下旨传召内阁诸臣前来乾清宫昭仁殿议事，朱慈烺依例出席。
在将自己的想法言明之后，朱由检父子静坐等待，内阁诸臣神态各异，但从面上的表情看，显然是都进入思考之中。
“启奏圣上，应对倭国之策略倒是不难筹划，只是臣等对倭国之现状所知甚少，所谓知己知彼，百战不殆，若是有熟知倭国详情之人为臣等解惑，那剩余之事自有臣等为圣上解忧！”
没过多长时间，卢象升率先出言打破了殿内的沉寂，他的几句话引得其余诸臣都是纷纷点头。
虽说前有嘉靖年间的东海倭乱，后有万历年间的抗倭援朝之役，但在这些重臣心中，倭国的存在感极低，在所有人的眼中，倭国不过就是一群矮子组成的小丑邻邦而已，国力弱小且还喜欢上蹿下跳，与大明隔着东海这个天然屏障，实无必要与其有何纠葛，但既然是皇帝突然有意染指这个岛国，那大家也只得先把这事给做一个了解再说。
朱由检虽然大体知道，现在的倭国正处在德川幕府时期，但对于日本的前世今生，他并不比在座诸人了解的更多，可是卢象升的话却是点中了要害，想对付谁倒是没问题，但总得对对方有个大致的了解吧？
“启奏圣上，朝臣于倭国所知者怕是绝无仅有，圣上既是言及此事并非在朝夕之间，那莫若从与倭国有商贸往来之地多寻几人，以求从诸多方面对其有更多解读。
臣以为，当务之急还是商议国内局势为好，不知圣意如何？”
眼见得大家都在琢磨着谁比较了解倭国国情，但一时之间又想不到合适的人选，孙传庭起身施礼奏道。
现在已是崇祯二十一年七月，大明南北之地都处在雨季，各地官府的奏报陆续而立，有言某府某县突发洪灾的，有说某地山崩、村落被埋的，有说本地发生蝗灾的等等，总之内阁现在很忙，要安排调拨钱粮救灾减灾，又要指示受灾地严防疫病发生，还要划拨麻包草绳铁锹锄头药品郎中等救灾物资和人员，倭国这档子事又不急，还是赶紧议一议眼前的诸多麻烦事，之后大家各忙各的好了。
“父皇，儿臣倒是有一个人选，且就在京城，何不将其招来相询？”
待孙传庭说完，参加了数次会商，但很少说话的朱慈烺突然开口奏道。
“哦？
太子有何人选？但讲无妨！”
朱由检笑着目视朱慈烺回道。
“父皇及各位阁老许是国事太过繁重之故，这才忘记京城有一位倭国通——靖海侯！”
朱慈烺一提靖海侯的名号，包括朱由检在内的诸人都是当即恍然。
“哈哈！
这灯下黑虽是民间俗语，可却是至理啊！
若非太子出言提醒，朕及诸卿可不就是应了这句俗语？
大伴，速派人出宫，传靖海侯入宫议事！”
在“昆仑”、“裂天”等级战舰入役并参与实战后，郑芝龙马上便意识到，郑家独霸大明近海的好日子一去不复返了，大明朝廷既是借助外力打破这一局面，那说明有大佬对自己起了异样的心思，如果自己再不识相的话，指不定哪天就会大祸临头，所以，郑芝龙根本没考虑多久，当即决定上本请求迁居京师，理由就是期盼着能够经常得见天颜。
对于郑芝龙如此知情识趣，朱由检当然是欣慰不已，因为这让他免去了做恶人的心理负担。
在南海舰队羽翼渐丰之际，已经有朝臣放出了清算郑家的风声，并且很快便应者如云，虽然内阁诸臣并未参与其中，也没有表态赞同，但朱由检知道，这些人是看中了郑家富可敌国的家产，以及手上掌控的几条贸易航线，只要清算了郑家，在其覆灭之后，这些东西很快就会被瓜分一空。
从本心来讲，朱由检对郑芝龙并无恶感，甚至还有着几分好感，如果没有郑家的大力协助，当初那种危如累卵的局面自己不知道能不能挺得过来。
再加上郑芝凤抵京后的一系列良好的表现，也让朱由检断绝了卸磨杀驴的念头。
可不能让那位后世定鼎那名的国姓爷遭受无妄之灾。
郑芝龙在获准迁居京师之后，便在一个月之内携带家眷先赶至北京，以此来证明自己的诚意，朱由检随即将成国公朱纯臣的宅邸赐予郑芝龙，也是用这种方式来给郑芝龙吃一颗定心丸，随即，朝堂上关于清算郑家的议论声戛然而止。
以侯爵位入驻公爵府邸，圣意已经很明显了，这时候再站出来挑事，那就是老寿星上吊——嫌命长。
在准郑芝龙陛见的时候，朱由检特意让他带着长子郑森（郑成功）一起入宫，温言安抚这位提心吊胆的大明第二富翁（朱由检才是首富）之后，朱由检对长着一副四方大脸、五官清秀端正的郑森表现出了极其明显的喜爱之意，赞其容貌清奇，将来定会有一番大作为。
至此，最善察言观色的郑芝龙始终悬着的心终于彻底放了下来，因为他从皇帝的一举一动中感受到了善意，尤其是对长子的夸赞，虽说有些莫名其妙，但的确是发自内心。
陛见之后，朱由检亲笔书写的“钦赐靖海侯府”的牌匾被送到郑府，郑芝龙率领全家于大门处三呼万岁、叩谢圣恩，他心里明白，只要不出大的意外，郑家的荣华富贵终于可以延续下去了。